Otepää Evangeelne Vabakogudus on päris vana. 2014. aasta augustikuus pühitsesime koguduse 115. aastapäeva. Koguduse alguseks loetakse 1899. aasta Taevaminemispüha sündmust, kui Läänemaalt alanud priikoguduse ärkamine Otepääle jõudis ja ristiti neli õde.
Kogudus oligi algul priikogudus, kuna aga teised sarnased kogudused olid kaugel Läänemaal, mõeldi ühinemisele baptistidega. Loodi Rõngu kogudusega.ühine laulukoor ja noorteselts. Juhtus hoopis aga see, et liituti nelipühi koguduste tööga, mis oli tollal paljutõotav. Johannes Reijo sai koguduse pastoriks.
1937.a. valitsus ei lubanud nelipühilastel iseseisvalt tegutseda, vaid nõudis nende ühinemist mõne liiduga. Nad valisid selleks Ev. Kristlaste Vabakoguduse, kuigi põhimõtted kattusid pigem baptistidega. Otepääl oli aga loodud Ev. Kristlaste Vabakoguduse osakond juba v. Vahkali majas, kes ehitas oma majja palvesaali. Et nüüd kuuluti ühte liitu, siis vabakoguduslased ühinesid nelipühilastega. Sõja ajal Vahkali majad ja palvemaja põles. Kahjuks sama saatus tabas ka põhikogudust. Hävis suur osa Otepää linnast. Sõja ajal arendasid nelipühilaste kogudused jälle iseseisvat tegevust. Kuid saksa okupatisoonivõimud võtsid neilt uuesti selle õiguse. Seekord uus pastor v. Krigol ei pooldanud enam evangeeliumi kristlastega taas liitumist, vaid otsustati liituda baptistidega. Nii sai 1944 . a. Otepääst Palupera koguduse osakond. Otepää kogudus oli üldise ühinemise ajaks 1945 a. olnud kõigis ühinenud neljas liidus. Kokku oli kogudus kandnud kuut erinevat nime. Peale sõda saadi kokkuleppele Ev. Vennaste kogudusega, kellel oli linnast väljas suur palvemaja. Kogudus aitas sõjakahjustusi parandada ja nii registreeriti Otepää EKB Kogudus Nüpli Vennaste koguduse palvemajja. Selle maja puuduseks oli aga asukoht linnast väljas.